Todos os episódios possuí legenda inclusa.

1×01 Pilot (Piloto)

KYLE XY segue a história de Kyle, que se encontra perdido no meio de uma floresta e é levado para a detenção juvenil. Mais tarde, Nicole Trager, uma psicóloga, vem examiná-lo e o leva pra casa. Ele irrita os dois filhos dos Trager, Josh e Lori e também Stephen, o marido de Nicole. Mas um a um, Kyle influencia-os a aceitá-lo.

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1×02 Sleepless in Seattle (Sem Dormir em Seattle)
Kyle aprende o conceito de tempo e se pergunta por que as pessoas perto dele se focam tanto no tempo. Tentando cansá-lo, sua família o faz correr entre outras atividades para tentar derrubá-lo.

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1×03 The Lies That Bind (Mentiras)
Nicole tem coisas a fazer, então os outros membros da família tem que cuidar de Kyle, que está com problemas em processar as pequenas mentiras que a família diz. Primeiro, Steven leva Kyle ao trabalho, onde a inteligência de Kyle por computadores os ajuda, então para Lori que o renega. Enquanto isso, Lori tem que lidar com sua demissão, Josh pede pra Kyle fazer um teste pra ele e Kyle é acusado de assassinato.

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1×04 Diving In (Mergulhando)
Kyle tenta entender suas emoções e repentina atração pela vizinha Amanda, enquanto Lori e Josh estão também experimentando dores de amor por conta própria.

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1×05 This is not a Test (Isso não é um Teste)
Kyle, Lori e Josh tem difíceis experiências no primeiro dia de aula enquanto Nicole e Stephen recebem a visita de Tom Foss.

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1×06 Blame It on the Rain (Culpe a Chuva)
Kyle fica frustrado quando ele experiência uma raso flash de memória, e ele encontra conforto de Allison. Lori espera que seu aniversário passe despercebido.

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1×07 Kyle Got Game (Kyle entra no Jogo)
Kyle linka sua memória ao professor desaparecido, mas encontra uma distração quando ele se junta ao time de basquete. Enquanto isso, Nicole entende melhor a situação única de Kyle.

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1×08 Memory Serves (Memórias Lembradas)
Depois de uma normal sessão de hipnotismo, Kyle fica determinado a decifrar seus mistérios, então com a companhia de Lori e Declan ele vai para a Universidade de Washington para procurar por pistas do professor desaparecido e como era sua relação com Kyle.

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1×09 The Lies That Bind (Mentiras)
Kyle descobre que ele consegue ler lábios e ouvir a conversas distantes, então ele recruta Declan e usa suas novas habilidades para investigar Tom Foss. Enquanto isso, Josh fica estressado com suas notas e o namorado de Amanda esconde um terrível segredo.

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1×10 Endgame (Fim de Jogo) (Season Finale)
Os Petersons, os verdadeiros pais de Kyle, chegam para levá-lo pra casa, mas Kyle não está acreditando nesses laços de família, então ele procura Tom Foss por respostas. Enquanto isso, Steven tem problemas ao aceitar que Kyle pode estar indo embora.